染色質免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是在體內環境中研究蛋白質與DNA相互作用的經典實驗方法，廣泛應用于組蛋白修飾、特定轉錄因子的基因調控作用等相關領域。隨著新一代測序技術的發展和成熟，染色質免疫沉淀實驗與高通量測序的整合——ChIP-seq，可在全基因組范圍對蛋白結合位點進行高效而準確的篩選與鑒定，同時也為研究的深入開展打下基礎。 采用特異性抗體對目的蛋白進行免疫沉淀后，分離與其結合的基因組DNA片段，再通過高通量測序與數據分析，在全基因組范圍內尋找目的蛋白的DNA結合位點，并且可以基于多個樣品進行差異比較。 1、實驗方案 測序策略：Illumina NextSeq 500 SE50 數據量：20M clean reads 2、數據分析 2.1 標準信息分析 （1）與參考序列比對 （2）Peak分析 （3）Peak在基因功能元件上的分布 （4）Peak相關基因分析 （5）Peak相關基因的GO功能顯著性富集分析 （6）Peak相關基因的Pathway功能顯著性富集分析 （7）鑒定樣品間差異Peak （8）樣品間差異Peak的基因功能元件分布 （9）樣品間差異Peak相關基因分析 （10）樣品間差異Peak相關基因的GO功能顯著性富集分析 （11）樣品間差異Peak相關基因的Pathway功能顯著性富集分析 （12）motif結構域預測 3、技術流程 4、案例分析 案例（1）FOXO轉錄因子作用位點特征 FOXO轉錄因子（FOXO）是控制物種壽命的中心調控因子，但是FOXO執行特定的細胞功能，包括成人干細胞內穩和免疫功能。FOXO直接作用的靶點已經在若干物種和細胞類型中鑒定得到。用meta分析從組織到生物體，以及哺乳動物，秀麗線蟲和果蠅的FOXO靶向位點的數據。結果表明，FOXO作用的特定細胞是與細胞特定功能的相關的。而且FOXO在脊椎動物和無脊椎動物中存在相同保守區域的作用位點。這些與生物生長，新陳代謝，抗壓力，蛋白質平衡相關的保守區域的結合位點表明，這些生物可能擁有同一個祖先。 圖1 FOXO轉錄因子結合組織特異性的共同靶點 圖2 FOXO轉錄因子結合靶點韋恩圖和保守性分析 案例（2） 肝受體X和PPARG在癌細胞增殖不同調控機制的定義 肝受體X（LXRs，NR1H2，NR1H3）和PPAGR在HT29大腸癌細胞的信號進行全面的，全基因組的以及各個發展階段的調控。PPAGR能夠產生快速的短期的回應，并且對相應的基因進行活化。相對應的，肝受體X產生長期持久的激活功能，抑制基因活化，提供...
串聯親和純化(TAP)-質譜鑒定 【技術簡介】 （1）技術原理 串聯親和純化（tandem affinity purification, TAP）技術基本原理包括：重組構建帶有兩種親和純化標簽的融合靶蛋白，然后轉染到宿主細胞或組織，帶標簽的靶蛋白表達并結合上相關蛋白質后，利用標簽與相應磁珠作用，兩步純化得到相關蛋白質。TAP技術聯合質譜對純化后的蛋白質進行分析，通過生物信息學獲得的蛋白相關性可信度高，為后續的驗證工作節省大量時間。 （2）技術應用 TAP與質譜技術聯用已成為一種高效且實用的方法，在生物大分子相互作用領域中被廣泛應用。近些年，隨著TAP標簽的全面改進和質譜技術的不斷發展，TAP-MS的靈敏度與專一性得到很大提高，使得該技術得以在更多領域發揮重要作用，也使得我們對蛋白質復合體進行系統性研究成為可能。 【服務內容】 構建融合Flag-HA的誘餌蛋白真核表達載體或者慢病毒載體；載體瞬時轉染靶細胞或包裝慢病毒感染靶細胞；TAP純化互作蛋白；質譜鑒定互作蛋白。 【客戶須知及標本要求】 （1）客戶須明確檢測目的和具體要求，最好能提供1~2篇文獻或資料。 （2）SDS-PAGE條帶：考染，條帶清晰可見；蛋白質溶液：蛋白質總量>5μg/μl。 （3）蛋白洗脫液：定量并計算總蛋白量，真空干燥后，密封好管口，冰袋包裝寄送。 （4）蛋白質條帶（考染）：從凝膠上割取條帶時，避免污染，將條帶放入EP管內，密封好管口，冰袋包裝寄送。
目前，集團擁有Illumina NextSeq 500、HiSeq 3000、MiSeq和Ion torrent等高通量測序儀組成的大規模高通量測序服務平臺，可以提供涵蓋基因組學、轉錄組學、表觀遺傳學、免疫組學、蛋白質組學等各種測序服務和高級生物信息分析服務。 NextSeq 500和MiSeq是Illumina公司醫學領域主流的測序平臺組合。NextSeq 500能夠在高產量運行模式和快速周轉運行模式下靈活轉換，兩者的數據產量分別為30G、120G。MiSeq系統能夠在8小時內從起始樣本得到分析數據，是唯一一臺集擴增、測序和數據分析于一身的新一代測序儀，每次運行能產生7G數據。Ion torrent平臺是基于半導體技術的臺式高通量測序儀，能根據反應池中的PH的變化快速“讀”出DNA序列，具有簡單、快速、準確、靈活和低成本等顯著優勢。
目前，集團高通量檢測平臺擁有Illumina NextSeq 500、HiSeq 3000、MiSeq和Ion torrent等高通量測序儀組成的大規模高通量測序服務平臺，可提供涵蓋exosome miRNA、exosome lncRNA、exosome circRNA在內的外泌體組學服務以及基因組學、轉錄組學、微生物組學、表觀組學、免疫組學、核酸與蛋白互作組學、蛋白質組學等各種測序服務和高級生物信息分析服務。
目前，華銀中心擁有Illumina NextSeq 500、HiSeq 2500、MiSeq和Ion torrent等高通量測序儀組成的大規模高通量測序服務平臺，可以提供涵蓋基因組學、轉錄組學、表觀遺傳學等各種測序服務和高級生物信息分析服務。 NextSeq 500和HiSeq 2500平臺是Illumina公司2014年最新推出的強大而高效的測序系統。它們能夠在高產量運行模式和快速周轉運行模式下靈活轉換，兩者的數據最大產量分別為120G、600G。MiSeq系統能夠在8小時內從起始樣本得到分析數據，是唯一一臺集擴增、測序和數據分析于一身的新一代測序儀，每次運行能產生7G數據。Ion torrent平臺是基于半導體技術的臺式高通量測序儀，能根據反應池中的PH的變化快速“讀”出DNA序列，具有簡單、快速、準確、靈活和低成本等顯著優勢。
