數據非依賴性的掃描模式（Date-independent acquisition,DIA）是近幾年發展的一種新的質譜數據采集方式。在肽段進入質譜進行第一次m/z掃描后，所有選定m/z范圍內的母離子全部碎裂，然后在串聯質譜中進行子離子的第二次m/z掃描。根據第一次m/z掃描得到母離子的峰強度信息，只選擇幾個信號強度最高的母離子進行碎裂，選擇性的采集會帶來檢測的隨機性和不完整性。DIA相較于DDA技術定量的特異性高，定量精度更高，更好的重現性；更適合于大樣本量定量蛋白質組。
技術優勢
(1)更符合樣本真實蛋白表達結果：更全面和權威的數據庫和軟件，同一樣本能鑒定到更多的蛋白質種類；
(2)更專業的生信團隊，具有多年的蛋白組學分析經驗，能提供各種個性化的高級分析。
技術流程
信息分析
生信分析總流程
標準信息分析
（1）數據質控
主成分分析
譜圖信息
蛋白質定量
（2）定性
蛋白GO/Pathway注釋分析
蛋白KOG/COG注釋分析
蛋白亞細胞定位
TF預測
（3）定量
相關性分析
強度箱線圖分析
（4）差異及富集分析
差異蛋白KOG/COG富集分析
差異蛋白GO/Pathway富集分析
分析結果示例
蛋白強度密度箱線圖
蛋白強度轉換熱圖
PCA圖
蛋白亞細胞定位統計圖
差異蛋白熱圖
差異蛋白火山圖
pathway分類條形圖
GO功能分類條形圖
差異蛋白參與代謝通路圖
案例分析
案例（1）HSCC化療多藥耐藥分子標記:高通量液相色譜-串聯質譜蛋白質組學篩選
本研究采用液相色譜-串聯質譜LC-MS對50例下咽鱗狀細胞癌（HSCC）臨床樣本進行DIA蛋白組學篩選，并在HSCC樣本中共鑒定出673個差異表達蛋白，其中172個上調，501個下調。臨床 HSCC 樣本的 FADD 表達顯著升高，RIPK1 表達顯著降低。化療敏感組FADD和RIPK1蛋白的表達明顯降低。揭示出FADD 和 RIPK1 可作為 HSCC 患者化療 MDR 的分子標志物，可能通過壞死性凋亡和 PRR 信號通路發揮作用。
圖1 差異蛋白熱圖
圖2 差異蛋白富集分析柱狀圖
圖3 差異蛋白PPI圖
案例（2）ACOX2作為肝細胞癌的預后標志物，可通過PPARα通路阻礙肝細胞癌的進展
本研究通過對24對人類肝癌和癌旁組織進行DIA蛋白組學篩選，探索ACOX2在肝癌中的作用機制。結果顯示，1029種蛋白質具有顯著差異，且將這些顯著差異蛋白質與癌癥基因圖譜中差異表達基因進行比較、在蛋白質-蛋白質相互作用進行分析，發現ACOX2作為關鍵候選基因，其過表達并通過PPARα通路減少了肝癌在體外和體內的增殖和轉移阻礙肝癌的發展。
圖4 A:肝細胞癌和配對的相鄰正常樣本中蛋白質表達的OPLS-DA 分析;B：顯著表達差異蛋白火山圖；C：差異表達蛋白聚類熱圖
[1] Shen B, Dong X, Yuan B, et al. Molecular Markers of MDR of Chemotherapy for HSCC: Proteomic Screening With High-Throughput Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry[J]. Frontiers in Oncology, 2021, 11:687320.
[2] Zhang Q, Zhang Y, Sun S, et al. ACOX2 is a prognostic marker and impedes the progression of hepatocellular carcinoma via PPARα pathway[J]. Cell Death & Diseas
